Et si une adolescente avait été tuée en 1963 parce qu'elle aimait agir et s'habiller en garçon ? Et si les deux adolescents, aujourd'hui adultes, condamnés en 1994 pour le meurtre de trois enfants, étaient innocents ? Et si la femme qui s'est suicidée en 1962 n'était pas le véritable auteur de sa lettre de suicide ? Affaires non résolues, erreurs judiciaires, crimes impunis depuis des années sont le lot quotidien de Lilly Rush, Scotty Valens et leurs collègues. L'affaire très médiatisée des "Trois de West Memphis" ou les attentats du terroriste Unabomber font partie des sources d'inspiration de cette cinquième saison. L'équipe rouvre un dossier datant de novembre 1963 : la mort mystérieuse d'une adolescente. A l'époque, les enquêteurs avaient finalement privilégié la thèse du suicide, même si un doute persistait dans tous les esprits. De nouveaux éléments sont venus bouleverser ces conclusions. Lilly et Scott peuvent désormais reprendre les investigations. Ils découvrent que la jeune défunte avait l'habitude de se travestir en garçon. Un comportement qui n'était visiblement pas du goût de tout le monde, notamment dans son cercle familial...