Et si une adolescente avait été tuée en 1963 parce qu'elle aimait agir et s'habiller en garçon ? Et si les deux adolescents, aujourd'hui adultes, condamnés en 1994 pour le meurtre de trois enfants, étaient innocents ? Et si la femme qui s'est suicidée en 1962 n'était pas le véritable auteur de sa lettre de suicide ? Affaires non résolues, erreurs judiciaires, crimes impunis depuis des années sont le lot quotidien de Lilly Rush, Scotty Valens et leurs collègues. L'affaire très médiatisée des "Trois de West Memphis" ou les attentats du terroriste Unabomber font partie des sources d'inspiration de cette cinquième saison. La presse et la population locale sont en émoi : un petit garçon, enlevé quelques jours plus tôt, a été retrouvé mort, gisant au milieu d'ossements humains dans un conteneur frigorifique en panne. Lilly et Scotty tentent de retrouver les auteurs de ce crime ignoble, et d'élucider dans la foulée l'énigme de ces ossements. Le médecin légiste leur apprend bientôt qu'en même temps que le petit garçon, la police a retrouvé trois individus portés disparus entre 1999 et 2003. Toute l'équipe se mobilise, certaine désormais d'être sur la piste d'un tueur en série...