Le vaisseau spatial Le Destiny et son équipage continuent leur traversée de l'Univers. En route, ils doivent surmonter de nombreux obstacles, en commençant par se débarrasser de l'Alliance luxienne qui vient de les prendre en otages. Des tensions internes voient le jour, accentuées par un rationnement qui s'amenuise. Dans cette deuxième saison, le Colonel Young et ses militaires repartent pour des aventures interstellaires dans le but de trouver un nouvel endroit où poser enfin leurs valises. Stargate Universe est la troisième série, et peut-être la plus sombre, de la franchise de Science-fiction Stargate. Le colonel Young et les militaires sont pris en otages par les membres de l'Alliance luxienne, qui souhaitent les débarquer, avec les civils, sur la prochaine planète viable. De son côté, Eli a réussi à ouvrir le sas permettant le retour de Scott et Greer, coincés à l'extérieur du Destinée. Il peut alors rejoindre Rush, Brody et Chloe, enfermés dans le laboratoire hydroponique d'où ils arrivent à prendre le contrôle d'une partie du vaisseau et à négocier ainsi la libération des leurs...