Flynn rend visite à Charlene, retirée dans un temple inca. Le lendemain, il constate qu'elle a disparu. Les bibliothécaires soupçonnent Apep. Flynn reprogramme la Porte pour être téléporté là où se trouve le pendentif de Charlene. Ils se retrouvent sur la base d'un supercollisonneur où une procédure de confinement a été lancée...