Olivia Cromwell, la directrice des services secrets britanniques, demande à l'équipe Scorpion de se rendre au siège des Nation unies à New York. Accompagnés d'un agent du MI6, ils doivent déjouer les services de sécurité pour arrêter et mettre hors d'état de nuire Jonas Madaky, un ambassadeur africain trafiquant d'armes. Les agents sont contraints de mener à bien cette mission, périlleuse et illégale, qui doit se solder par un assassinat. Comment vont-ils réagir ? Par ailleurs, Walter a placé sa soeur Megan sous tutelle, contre l'avis de Sylvester, prêt à tout pour protéger les souhaits de Megan...