Au XXIe siècle, le réseau Internet couvre le monde entier. Toutes les informations peuvent être obtenues à la demande et même l'âme humaine, le "ghost", est directement reliée au réseau. Une nouvelle criminalité s'est développée, et, avec elle, une nouvelle forme de répression du banditisme. Le major Kusanagi, cyberpolicière, dirige une unité secrète spécialisée dans le règlement des affaires difficiles. Elle s'apprête à intervenir en pleine tractation entre un diplomate corrompu et un programmeur informatique suspecté de trafic d'armes...