Les agents du NCIS doivent enquêter sur le crash d'un F-18, lors d'une mission de routine, et la disparition de son pilote, le lieutenant Rebecca Weeks, une jeune femme brillante. Gibbs et Ellie se rendent sur le USS Franklin Roosevelt, le porte-avions d'où est parti l'appareil, pour inspecter les quartiers de la pilote disparue. Ils y découvrent le cadavre du quartier-maître première classe Patrick Fisher. De son côté, McGee discute, bien à contrecœur, d'une décision très personnelle avec ses coéquipiers...