Après avoir subi une nouvelle attaque des Wraith au cours d'une expédition sur une planète encore inconnue, l'équipe terrienne soupçonne la présence d'un traître dans ses rangs. Les voyages sont aussitôt suspendus. Les premiers suspectés sont les Athosiens, que le docteur Weir convoque un à un pour les soumettre à un interrogatoire. Teyla apparaît comme la principale suspecte. Pendant ce temps, McKay et Zelenka ouvrent le toit d'Atlantis, permettant ainsi au major Sheppard de procéder à une reconnaissance de la planète. Il découvre un nouveau continent sur lequel les Athosiens peuvent s'installer...