Les agents du NCIS de Washington, Hawaï et Los Angeles sont réunis pour célébrer le départ à la retraite de leur ancien instructeur, le bien-aimé professeur Dale Harding. Lorsque ce dernier est retrouvé mort à son domicile et que les premières analyses concluent à un suicide, les trois équipes vont enquêter conjointement pour en découvrir les raisons. Des éléments laissent à penser que McGee pourrait être coupable de trahison...