Désormais marié à Meredith, Derek est promu chef de la chirurgie. Le couple veut des enfants. Le Seattle Grace est contraint de fusionner avec l'hôpital voisin, le Mercy West. Des emplois sont menacés. Une compétition mortelle s'engage entre les deux équipes. La relation entre Callie et Arizona, entamée lors de la saison 5, se précise. Un événement épouvantable va bouleverser l'hôpital. Certains ne s'en remettront pas. Katherine Heigl quitte la série au milieu de cette saison, tandis que Jessica Capshaw est promue à un rôle récurrent.