Les conséquences du crash aérien qui clôturait la saison précédente sont au centre de la saison 9. Deux personnages ne s'en sortent pas. Derek, victime d'une terrible blessure à la main, pourrait ne plus jamais être capable de pratiquer la chirurgie. Cristina souffre d'un violent choc post-traumatique. Un procès s'ensuit, dont l'issue se révèle incertaine. L'hôpital est-il responsable ? La décision de justice entraînera une redistribution des cartes au sein du conseil d'administration. Beaucoup de morts et moins de romances expliquent les audiences en baisse de cette saison pourtant narrativement très solide.