Mac entame une relation avec Peyton Driscoll, une collègue de Sid, elle aussi médecin légiste. Sheldon est soupçonné d'avoir abattu une barmaid. Stella craint d'avoir été contaminée par le virus du sida sur une scène de crime. Un double assassinat fait ressurgir le douloureux passé de Lindsay. Dans sa jeunesse, elle a échappé à un massacre qui a coûté la vie à quatre de ses amies. Elle décide de retourner dans le Montana pour tenter de confondre le tueur. La saison 3 est marquée par un nouveau crossover, cette fois avec la série "Cold Case", dans l'épisode "Soeurs de sang". Quant à l'épisode "Froide vengeance", il met en valeur Central Park lors de l'arrivée du marathon de New York.