Mac démontre son attachement à la procédure et exige de ses collaborateurs une intégrité à toute épreuve. Lorsqu'Aiden, tout à sa volonté de résoudre une affaire de viol, décachette un scellé, Mac l'exclut de l'équipe. Sa remplaçante, Lindsay Monroe, une enquêtrice originaire du Montana, fait aussitôt les frais des moqueries de Danny. Sheldon intègre l'équipe et cède sa place de médecin légiste à Sid Hammersback. Dans cette saison, Stella elle-même fait l'objet d'une affaire, lorsque son ancien petit ami vient la séquestrer chez elle. Une saison 2 solide, dont le septième épisode fait intervenir l'équipe des "Experts : Miami" à l'occasion d'un crossover.