Un ingénieur, qui a développé un nouveau système de destruction de missiles guidés, a été assassiné. Callen et Sam partent en mission sous couverture pour traquer son collègue Aiden Tinker. Celui-ci veut vendre des informations confidentielles pendant un vol commercial pour Tokyo. A bord, les deux agents doivent agir sans arme. Pendant ce temps, Deeks prévoit une rencontre surprise pour Kensi et ses amis hors de la ville...